截至29日晚6時，此次事故對外發布的死亡人數為40人。但一些人對此仍心存疑慮。他們認為，事故公布的傷亡人數，特別是尚沒出現失蹤人數可能與事實不符。

參與組織救援的溫州市市長趙一德說，發生事故的兩列列車，前一列大約有900多人，后面一列約有500多人。鐵道部新聞發言人王勇平證實說，D301次動車上有乘客558人，D3115次動車上有乘客1072人，但沒有具體說清發生事故的D301次動車前四節和D3115次動車后兩節車廂里到底有多少乘客。

記者在現場發現，發生動車追尾事故的高架橋位于溫州郊區，周圍都是民宅，進入市區交通便利，如有旅客自行離開，應可以立即得到救助并和家人取得聯系。

現場救援人員告訴記者，事故發生當晚，天黑雨大，電閃雷鳴，很少有人自行離開現場。消防官兵趕到后，受傷旅客大多是在大家攙扶下送進救護車的。

對此，鐵道部門接受采訪時說，在售票實名制的情況下，之所以沒有依據這一系統先統計死傷人數，然后再進行現場處理，是因為確定的方案是把救人放在第一位，當時不管是什么方式，先把這些傷員救出來，受傷的直接送醫院，沒受傷的妥善安置，因此當時沒法統計得很清楚，但這些人的身份都是很清楚的。有些所謂失蹤者，其實是事故發生后沒有受傷的旅客自行離開了。