國家稅務總局內蒙古自治區稅務局的主要職責是：

（一）負責貫徹執行黨的路線、方針、政策，加強黨的全面領導，履行全面從嚴治黨責任，負責黨的建設和思想政治建設工作。

（二）負責貫徹執行稅收、社會保險費和有關非稅收入法律、法規、規章和規范性文件，研究制定具體實施辦法。組織落實國家規定的稅收優惠政策。

（三）負責研究擬定本系統稅收、社會保險費和有關非稅收入中長期規劃，參與擬定稅收、社會保險費和有關非稅收入預算目標并依法組織實施。負責本系統稅收、社會保險費和有關非稅收入的會統核算工作。組織開展收入分析預測。

（四）負責開展稅收經濟分析和稅收政策效應分析，為國家稅務總局和自治區黨委、政府提供決策參考。

（五）負責所轄區域內各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征收管理。組織實施稅（費）源監控和風險管理，加強大企業和自然人稅收管理。

（六）負責組織實施本系統稅收、社會保險費和有關非稅收入服務體系建設。組織開展納稅服務、稅收宣傳工作，保護納稅人、繳費人合法權益。承擔涉及稅收、社會保險費和有關非稅收入的行政處罰聽證、行政復議和行政訴訟事項。

（七）負責所轄區域內國際稅收和進出口稅收管理工作，組織反避稅調查和出口退稅事項辦理。

（八）負責組織實施所轄區域內稅務稽查和社會保險費、有關非稅收入檢查工作。

（九）負責增值稅專用發票、普通發票和其他各類發票管理。負責稅收、社會保險費和有關非稅收入票證管理。

（十）負責組織實施本系統各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征管信息化建設和數據治理工作。

（十一）負責本系統內部控制機制建設工作，開展對本系統貫徹執行黨中央、國務院重大決策及上級工作部署情況的督查督辦，組織實施稅收執法督察。

（十二）負責本系統基層建設和干部隊伍建設工作，加強領導班子和后備干部隊伍建設，承擔稅務人才培養和干部教育培訓工作。負責本系統績效管理和干部考核工作。

（十三）負責本系統機構、編制、經費和資產管理工作。

（十四）完成國家稅務總局和自治區黨委、政府交辦的其他工作。